Dem Nest der Honigbienen kommt als sichtbare Klammer des Superorganismus eine Schlüsselstellung zu. Seine Bedeutung für das Funktionieren der Bienenkolonie reicht dabei sehr viel tiefer, als es der Vorstellung von einem Nest im Allgemeinen entspricht. Ein Nest lässt sich aus Materialien der Umgebung errichten, und man findet darin Schutz. Der Wabenbau der Bienen dagegen ist im wahrsten Sinne ein Teil der Bienen. Auch die Betrachtung der Waben als „eingefrorenes Verhalten der Bienen“ erfasst die Situation nicht. Eingefrorenes Verhalten sind auch die Fußspuren von Möwen im Schlick des Watts; diese Fußspuren wirken aber in keiner Weise auf das Leben der Möwe zurück, es sei denn, sie bringen Räuber auf ihre Spur. Die Waben als „Spuren der Bienen“ bestimmen dagegen Eigenschaften und Leben der Bienen. Als Kombination aus vorgefundenen Höhlen, zumindest in den gemäßigten Breiten, und den wächsernen Waben ist das Nest nicht nur Wohnraum, Speicherplatz und Kinderstube, sondern es ist ein integraler Bestandteil des Superorganismus: Skelett, Sinnesorgan, Nervensystem, Gedächnisspeicher und Immunsystem. Die Waben und das Wachs, aus dem sie gebaut sind, werden nicht nur komplett von den Bienen produziert, sondern sie sind untrennbar mit dem Leben und dem Funktionieren des Superorganismus verbunden.